虽然员工违反了规章制度及国家的法律法规，但员工事发后积极地清退了钱款且已经受到了法律的制裁，而工资是劳动者在工作期间的劳动所得理应支付。
《刑法》第二百七十一条 公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处5年以下有期徒刑或者拘役;数额巨大的，处5年以上的有期徒刑，可以并处没收财产。
国有公司、企业或者其他国有单位中从事公务的人员和国有公司、企业或者其他国有单位委派到非国有公司、企业以及其他单位从事公务的人员有前款行为的，依照本法第三百八十二条、第三百八十三条的规定定罪处罚。
第一百八十三条第一款 保险公司的工作人员利用职务上的便利，故意编造未曾发生的保险事故进行虚假理赔，骗取保险金归自己所有的，依照本法第二百七十一条的规定定罪处罚。
《公司法》
第一百四十七条 董事、监事、高级管理人员应当遵守法律、行政法规和公司章程，对公司负有忠实义务和勤勉义务。
董事、监事、高级管理人员不得利用职权收受贿赂或者其他非法收入，不得侵占公司的财产。
第一百四十八条 董事、高级管理人员不得有下列行为：
(一)挪用公司资金;
(二)将公司资金以其个人名义或者以其他个人名义开立账户存储;
董事、高级管理人员违反前款规定所得的收入应当归公司所有。
《合伙企业法》
第六十八条 合伙人执行合伙企业事务中，将应当归合伙企业的利益据为己有的，或者采取其他手段侵占合伙企业财产的，责令将该利益和财产退还合伙企业;给合伙企业或者其他合伙人造成损失的，依法承担赔偿责任;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
结合上述相关内容可以看出，如果员工实际上是在公司工作了，那么是需要公司进行工资发放的，但是员工一定要偿还侵占公司的钱财，如果没有能力偿还的话可以分期付款。
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